Elli bin yıl önce ortadan kaybolan Protheanlar, ileri teknoloji ürünü eserlerini galaksinin dört bir yanında bıraktılar. Marsta tesadüfen bulunan bir Prothean eseri sayesinde insanlık da bu kadim ırkın teknolojik nimetlerinden faydalandı ve galaksinin diğer gelişmiş ırkları arasında yerini almaya başladı. Ne var ki ırklar arasına katılmak değil, hakimiyet kurmaktan başka bir şey değildi.
Bilim insanı Kahlee Sanders özel yetenek sahibibiyotik çocukların sıra dışı güçlerini kullanmalarına yardım eden bir program olan Yükseliş Projesine katılmak için İttifaktan ayrılır. Programın en çok gelecek vaat eden öğrencisi otizmin sınırlarında ve henüz o iki yaşında olan Gillian Graysondır. Ancak Kahleenin bilmediği bir şey vardır: Gillian öğrenciler, üzerinde kaçak deneyler yürüterek programı sabote eden Cerberus adlı yasadışı bir örgütün masum piyonudur.
Cerberusun planı açığa çıkınca Gillianın babası çocuğunu Yükseliş Projesinden alıp kanunsuzluğun hüküm sürdüğü Terminusa kaçar. Gillianı korumaya kararlı olan ancak Graysonın aslında bir Cerberus ajanı oduğunu bilmeyen Kahlee de onlarla birlikte gider. Kahlee küçük kızı babasının elinden kurtarmak için galaksinin en ücra köşelerine ulaşmak zorlu düşmanlarla ve türlü engellerle mücadele etmek zorunda kalacaktır.
